La città estense apre il secolo con il matrimonio di Alfonso I d’Este con Lucrezia Borgia, avvenuto nel 1502. Ferrara è ormai una città che per fasti e ricchezza d’arredi è alla pari con le corti più raffinate dell’Italia settentrionale, come Mantova e Milano e la nuova coppia ducale trasforma il capoluogo estense in una vero e proprio cantiere d’arte. Lucrezia arriva a chiamare doratori fin dalla Spagna, e il nuovo look non risparmia nemmeno la cagnolina bretone della bella Borgia, costretta a indossare fibbia e catenella dorata. Gli stipettai e i marangoni di corte sono impegnati a realizzare tavolini da giochi con intarsi in ebano, tavoli con piani in commesso lapideo sono di gran moda, arredi muniti di maniglieria in oro, letti con colonne e intagli classicheggianti. Schiere di pittori impreziosiscono la mobilia ducale che si veste anche di borchie sempre dorate. Modena e Reggio Emilia, allora provincie estensi, offrono il loro contributo con produzione di mobilia intarsiata e la vicina Venezia non manca mai di influenzare l’arte ferrarese. Artisti come Michelangelo, Raffaello e Tiziano sono in stretto contatto con Lucrezia e Alfonso e in questi anni diverranno celebri in tutta Europa i camerini d’alabastro estensi, oggi perduti dopo l’incendio del 1634. In un primo tempo fu l’arte della tarsia a prevalere nelle decorazioni, e a Ferrara, nel 1506, gli intarsiatori, presenti in gran numero e consapevoli del rilievo del loro operato, rivolgono una supplica al Duca al fine di potersi separare dall’Arte dei marangoni, dotandosi di statuti autonomi: tale beneficio fu loro puntualmente concesso. Tra il 1515 e il 1520, si diffonde la moda di utilizzare piani di meschie di marmo arricchite da commessi lapidei, tanto apprezzati dal Cardinale Ippolito d’Este, fratello del duca Alfonso. Ercole II sposa nel 1528 Renata, nientedimeno che la figlia di re Luigi XII di Francia e una nuova ventata di mobilia ove ricorre con maggior diffusione l’intaglio e l’intarsio celebra in città l’avvento del manierismo.  E’ questa l’epoca aurea di Ferrara, che emula sfarzi regali e raffinatezze alla cui esecuzione partecipa anche Benvenuto Cellini, presente in città, insieme al marangone-intagliatore Stefano Seghizzi, l’artefice in questi anni degli arredi di maggior impegno, sebbene anche Andrea Marocco, il vecchio Tusino, il Lovati e Giacomo da Lugo non sono da meno.
 L’architettura ducale vede il fecondo apporto di Pirro Ligorio e sotto il profilo urbanistico è una città modello. Si diffonde la moda dello stipo-medagliere, delle librerie e di studioli portatili e scrittoi, oltre a tavoli appositamente realizzati per mostrare sul piano tappeti di pregiata esecuzione e a trespoli trattati a valenza scultorea; Ferrara eccelle anche nella produzione del cuoio impresso. Nel 1559, il nuovo duca Alfonso II conferma il timbro aulico della politica estense e l’arte della tarsia rifiorisce dopo decenni di quasi oblio grazie all’arte della bottega Cavazza e di Baldassarre da Mirandola e il gusto per la finzione scenica prelude ormai al barocco. Il matrimonio di Alfonso II con Barbara d’Austria si celebra nel 1565, con enorme sfarzo e meraviglia pubblica: ogni bottega d’arte cittadina prepara l’evento con somma cura, dissanguando le casse ducali. Dagli anni Sessanta si diffonde la doratura a foglia d’argento meccata e la mobilia è sovente laccata. Il linguaggio figurativo di questi anni è sempre più incline all’introduzione di motivi a grifi, grottesche, erme, palmette, cupidi,  stilemi che orienteranno il manierismo verso la diffusione del magniloquente barocco. Il motivo “a ottagono” tanto caro al Ligorio veste anche gli arredi, come documentano le opere dell’ebanista Alessandro Milanato. Morta Barbara il duca si risposerà nel 1579 con Margherita Gonzaga e l’arte estense giungerà al suo culmine: raffinatezza rinascimentale e spirito d’inventiva si combineranno in tale armonia tanto da trovare difficilmente termine di paragone. Di questa splendida avventura artistica, terminata tragicamente nel 1598 con la devoluzione di Ferrara allo Stato Pontificio, ben poco è giunto fino a noi.